Podczas warsztatów uczestnicy zapoznają się z poszczególnymi etapami analizy - od sekwencji DNA i białka do zbudowania, oceny i interpretacji drzewa filogenetycznego (wybór markera, przyrównanie sekwencji, wybór modelu substytucji nukleotydowej i aminokwasowej, analiza statystyczna uzyskanych wyników). Uczestnicy praktycznie zapoznają się z zastosowaniem różnych algorytmów (UPGMA, Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maksymalna Parsymonia, wnioskowanie bayesowskie) do budowy i oceny drzew filogenetycznych. Wykłady pozwolą na usystematyzowanie oraz poszerzenie wiedzy z filogenetyki, programów komputerowych oraz ich zastosowania do badań filogenetycznych. W tym roku program warsztatów poszerzamy o metodę bayesowską analizy filogenetycznej. Warsztaty są skierowane zarówno do osób zamierzających prowadzić badania w oparciu o sekwencje DNA oraz białek, jak również zainteresowanych zastosowaniem nowych sposobów analizy komputerowej do badań prowadzonych klasycznymi metodami.
|
I dzień |
|
|
09:00 – 09:10 |
Otwarcie warsztatów |
|
09:10 – 10:30 |
Podstawowe zasady konstruowania drzew filogenetycznych – wykład 1 |
|
10:30 – 11:30 |
Metody konstrukcji i ocena wiarygodności drzew – wykład 2 |
|
11:30 – 11:45 |
Przerwa |
|
11:45 – 12:45 |
Programy do analiz filogenetycznych – wykład 3 |
|
12:45 – 13:45 |
Dopasowywanie sekwencji (Clustal W, MUSCLE, MAFFT) – ćwiczenie 1 |
|
13:45 – 14:00 |
Przerwa |
|
14:00 – 15:00 |
Wybór modelu substytucji – ćwiczenie 2 |
|
15:00 – 16:00 |
Konstruowanie i ocena drzew filogenetycznych, program MEGA6 – ćwiczenie 3 |
|
II dzień |
|
|
9:00 – 12:00 |
Metoda Bayesowska w filogenetyce – wykład i ćwiczenie 4 |
|
12:00 – 12:15 |
Przerwa |
|
12:15 – 13:15 |
Ewolucja genomów – wykład 5 |
|
13:15 – 14:00 |
Horyzontalny transfer genów – wykład 6 |
|
14:00 – 15:00 |
Horyzontalny transfer genów – ćwiczenie 5 |
|
15:00 |
Zakończenie warsztatów |
Prowadzący: Dr hab. Tadeusz Malewski, dr Anna Tereba
Termin warsztatów: 11-12 marca 2016 r.
Miejsce: Warszawa
Karty Zgłoszenia oraz opłaty należy przesyłać do dnia 4 marca 2016 r.
Ponieważ ilość miejsc jest ograniczona organizatorzy zastrzegają sobie prawo do wcześniejszego zamknięcia listy w przypadku wyczerpania wolnych miejsc.
Dodatkowych informacji udziela:
Dr Arleta Malewska: mbs@mbs.biz.pl, Tel (22) 668 24 83; 607 929 471
